windows版は３つエディタが入っていると思いますが、「nakopad.vbs」を使われているのではないでしょうか。
コンソール版ですから使える命令も一部ｗｅｂ版とは異なり、動かないプログラムが色々あるのですが、今回の原因としては、nakopadは元々ｖ１のエディタでSHIFT-JISなので絵文字とかUnicode文字は表示出来ないんですよね。
ダウンロードしたファイルはUTF-8だと思いますが、一応自動判別して変換して表示するのですが、絵文字のところで出来なくなって以後化けてしまうとゆうことだと思います。命令が化けているので実行すればエラーになっちゃいます。

簡易エディタなどと同じｗｅｂ版のエディタは、「nako3server.vbs」になります。
でもこれ、ファイルを開いて実行するってことが出来ないんですよねえ・・・

3と5の倍数のやつは、命令的にはcnako3でも大丈夫で、絵文字が表示出来さえすれば良いので「nako3edit.vbs」でも動作します。
でもこれも、「nadesiko3_user」フォルダにファイルそのものを放り込んでやれば、ファイル一覧に表示されて開けるんだけど、フォルダじゃダメだから結局めんどくさいですし、cnako3だからカメやグラフやキャンバスを使った命令は動きませんからね・・・

やっぱり、「nako3server.vbs」にコピペでしょうか。
ローカルのファイルを開いて実行出来たら便利そうなんですが、何か問題があるのかな・・・？