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唯一の正解というものは無いです。

アプリケーション毎に適していて困らない方法を実装しておく。

これに尽きます。

通常、起動をともにWindow（母艦）が開かれる場合、閉じたら終了するはず　と皆が考えますので、そう動作するようにします。
Windowを表示せずタスクバーにも表示しない場合、システムトレイ（通知エリア）にアイコンを表示して設定変更や終了等の操作を行えるようにするのも１つの手です。起動しているか起動していないのかの確認にも使えます。
逆に、自分しか使わずあまり終了しない・終了が不要なのであれば、必要なときはタスクマネージャー上で探して強制終了する　でも十分の可能性もあります。

自分だけで使用するものではない場合にはあまりに突飛なことをすると、悪意がある（不当に終了させないようにしている）と思われる可能性もあるので、その辺も一考が必要です。