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ナデシコランタイムパスは、エディタから実行する場合とexe化した場合とでは違います。
ランタイムパスを言うプログラムを作成して、エディタからと実行ファイルにしたものとで比べてみたら分かりますよ☆

エディタから実行する場合には、vnako.exeから編集中のnakoファイルを起動しているので、なでしこのインストール先のvnako.exeとなりますが、実行ファイルを作成しますとランタイムは、その作成された実行ファイルそのものとなります。
実行ファイル化したものは、ランタイムすなわちvnakoとプログラムを記述したnakoファイルを同梱してあるものという考えであってるでしょうかねえ？　まあそうゆうイメージ。

ですから、

「{ナデシコランタイムパス}　"{母艦パス}RPA　PG1.nako"」を起動待機　

などとすると、そのたびにメインプログラムを起動していることになっちゃうワケです。

ナデシコランタイムパスの部分を、vnako.exeを直接的にフルパスで指定するようにしておけば出来ると思います。