うーん、もちろんＩＥも、同じ１１ということでいいんですよねー？
　でも、同じプログラムが、動くＰＣと動かないＰＣとがあるとなると、やはり環境ですよねー（＠＿＠）
　どこか、違うところがある筈なんですが。
　ＩＥ互換モードになっちゃってるなどもないですよねー？（それで、このような現象が起きるかどうかも、わからんのですが；）
　
　プログラムの方で試してみるとすると、ブラウザHTML取得の後にも、ウェイトを入れてみるとか？
　文書完了した時はのイベントを使ってみるとか？
　ブラウザHTML取得がうまく働いていない事は判明しているのだから、ブラウザHTML取得するだけの一番簡単なプログラムを作って、色々と試してみるといいですよ。
　出来るだけ単純なプログラムで、そんなわけねーと思うようなコトでもムダと思わず、思いつく限りの事を試すんです。